中國科學院南京地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，是全國唯一以湖泊-流域系統為主要研究對象的綜合研究機構，中國科學院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔任過所長。
研究所的戰略定位是開展自然和人文要素驅動下湖泊－流域系統過程、格局及其相互作用與調控機理研究，為湖泊科學研究、湖泊資源合理利用、湖泊環境治理與生態保護以及區域可持續發展做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。研究所將努力建設成為國際一流的湖泊科學基礎研究和高層次人才培養基地、國家湖泊資源利用與環境治理工程技術研究中心、經濟發達地區可持續發展科學研究與決策咨詢中心。
研究所主要面向湖泊水環境治理與生態修復、區域可持續發展規劃與評估兩大應用研究領域，重點發展物理湖泊與水文、湖泊生物與生態、湖泊沉積與環境演化、湖泊環境與工程、流域水文與資源環境、區域經濟地理和地理信息科學七個學科方向?，F設有湖泊與環境國家重點實驗室、中國科學院流域地理學重點實驗室、湖泊野外觀測站（含太湖湖泊生態系統研究站、鄱陽湖湖泊濕地觀測研究站、撫仙湖高原深水湖泊研究站、呼倫湖生態系統定位觀測研究站、天目湖流域觀測研究站和東非大湖與城市生態研究站）、湖泊-流域數據集成與模擬中心以及所級公共技術服務中心。
研究所現有在職職工282人。其中研究員及正高級工程技術人員48人、副研究員及高級工程技術人員80人。設有地理學博士后流動站，地理學、環境科學與工程2個專業一級學科學位授予點，包括自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學4個博士學位授予點和自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學、環境工程、建筑與土木工程6個碩士學位授予點?，F有在站博士后20余人，在學研究生200余人。
